Краковский университет является старейшим во всей Польше и одним из старейших в Европе. Он был основан 12 мая 1364 года польским королем Казимиром Великим.

В Studium generale – как тогда назывался университет – было три факультета: гуманитарных наук, медицины и права. После смерти короля университет на время прекратил свою деятельность. Вновь был открыт 26 июля 1400 года королем Владиславом Ягайло. В университете появились также факультеты теологии, права и философии. С тех пор деятельность Краковского университета больше не прекращалась.

XV век является временем расцвета университета. Туда приезжали учиться не только поляки, но также многие иностранные студенты, в том числе: русины, литвины, венгры, немцы, чехи, швейцарцы, англичане, голландцы, французы, итальянцы, испанцы и даже татары. Он был известен в первую очередь такими науками как право, математика и астрономия. Среди студентов университета не мало известных имен – Николай Коперник, Ян Кохановский, Мартин Кромер, Ян Собесский, Иво Андрич, Вислава Шимборска и др.

Свое нынешнее название - Университет Ягеллонский - получил в 1817 году.

На данный момент в Ягеллонском университете действует 15 факультетов, 3 из которых медицинские. Появился новый кампус, приуроченный к 600-летию возобновления деятельности университета. Учится здесь около 50 тысяч студентов ежегодно, из которых 65% составляют девушки. Помимо студентов из стран Евросоюза университет пользуется большой популярностью среди украинцев и белорусов.